医疗机构与第三方机构合作建立互联网医院的优势在于为什么要建设互联网医院，医院可以降低基本功能版本的系统建设成本，因为，通常此种合作方式，第三方机构提供标准化的功能及系统平台，另一个优势是第三方机构会投入部分资源，协助医院进行运营，线上服务的业务量（通常是订单数量）在上线初期会有较明显的增长；劣势在于，医院需要让渡出互联网诊疗活动的部分主导权及互联网诊疗活动的部分收益，目前第三方机构的收益主要来自以下几个方面：1、第三方机构商户中沉淀的资金，产生的金融收益，因此第三方机构合作中会要求代收线上服务的收费（如挂号费/医师服务费等）；2、处方外流后返佣，因此第三方机构会要求医院线上开具的复诊处方（自费），通过平台导流出医院；3、互联网医院系统平台运维及新增功能建设收费，因第三方合作机构通过互联网医院系统基本功能版本，获得了医院患者的移动端触达的入口为什么要建设互联网医院，建设了医护端及医院运营管理用户的平台，医院如果在这个系统体系内有新增需求，特别是智慧医院建设中，为患者在移动端提供挂查缴的便利服务需求；4、合作的第三方机构再融资的资源增长基础，第三方机构通常有融资需求，因此会要求合作的医院，具有排他性，确保医院提供的医疗资源，以及线下到线上的导流客户，持续绑定在第三方机构的整体平台上，反向对于医院，将成为与其他平台合作，形成多平台向医院导流的重大障碍。